Das Heilig-Geist-Spital wurde wahrscheinlich im Jahr 1208 gestiftet, urkundlich erstmals erwähnt findet sich dessen Kirche 1250 als ecclesia sancti spiritus de Monacho, ist aber zeitweise auch Katharina geweiht gewesen. Die neue Heilig-Geist-Kirche begann man 100 Jahre später zu bauen, nachdem das Hospital niedergebrannt war. Die Bauzeit dauerte bis zum Jahr 1392. Seitdem wurde sie zweimal im größeren Stil umgebaut, nämlich 1724 bis 1730 durch Johann Georg Ettenhofer und 1885 bis 1888 durch Friedrich Löwel, so dass ihr heutiges Erscheinungsbild stark barock geprägt ist.
Durch ihren Standort am
Viktualienmarkt prägt sie diesen mit, wird aber zugleich auch von der benachbarten
Kirche St. Peter dominiert. Zusammen mit anderen Gebäuden der Umgebung – wie dem alten Rathaus – bildet sie ein reizvolles innerstädtisches Ensemble.