Die Kirche St. Stephan gilt als der Namensgeber für Baumkirchen, denn sie war die alte Pfarrkirche des Ortes, der heute Teil von Berg am Laim ist. Darüber hinaus gilt sie auch als am frühesten anzunehmende Kirche Münchens, da sie über den Ortsnamen bereits im Jahr 870 vorhanden gewesen sein muss (damals wird Baumkirchen als "Pouminunchirihum" erwähnt) und somit auch wahrscheinlichster Kandidat für eine für das Jahr 813 erwähnte Kirchengründung im Bistum Freising ist.
Der heutige Bau wurde laut Dehio im Jahr 1511 fertiggestellt. Ein größerer Umbau erfolgte in den Jahren von 1713 bis 1727. Nachdem sie jahrhundertelang als Pfarrkirche fungiert hatte, wurde sie im Rahmen der Säkularisierung der Klöster und Stifte im Jahr 1806 Filialkirche der neue Pfarrkirche St. Michael von Berg am Laim und diente bis zum Jahr 1923 lediglich als Winterkirche der Gemeinde. Im Jahr 1848 wurde die Sakristei ergänzt.