So wie in evangelischen Städten wie Halle (Saale) die neuen katholischen Kirchen außerhalb der Altstädte errichtet wurden, so wurden in katholischen Städten wie München die evangelischen Kirchen am Außenring der Altstadt erbaut. Neben der im Jahr 1833 am Karlsplatz fertiggestellten Matthäuskirche war das auch bei der Markuskirche der Fall. Beide Neubauten waren dem Bevölkerungswachstum des 19. Jahrhunderts geschuldet, die Markuskirche blieb hierbei der einzige evangelische Kirchenneubau der Gründerzeit. Sie entstand in den Jahren 1873 bis 1877 und wurde im Zweiten Weltkrieg zerstört. Obwohl der neogotische Turm weitgehend erhalten blieb, und für eine Weiternutzung gesichert wurde, wurde er beim Teilneubau in den Jahren 1955 bis 1957 teilweise abgerissen. Da die Kirche auch schon bei vorherigen Umbauten von neogotischen Details 'befreit' wurde, wirkt sie in der heutigen Gestalt wie ein kompletter Neubau.