Die zweite Stadtmauer Münchens veranlasste Ludwig der Bayer und so entstand sie in den Jahren 1285 bis 1347. Das Isartor wurde im Jahr 1337 fertiggestellt. Nachdem um das Jahr 1420 eine weitere (äußere) Mauer ergänzt wurde, bestand das Tor - wie auch die anderen - aus drei Türmen, was sich nur an dieser Stelle in der ursprünglichen Form erhalten hat. Friedrich von Gärtner wurde 1833 mit der Sanierung beauftragt. Im Gegensatz zum Sendlinger Tor, das seinen dreifachen Torbogen verlor, wurde es hier nur dahingehend umgestaltet, dass die Bögen nun gleichhoch sind. Auch die Fresken stammen aus der Zeit. Nach schweren Schäden im Zweiten Weltkrieg wurde das Tor mehrfach restauriert. Die Flankentürme beherbergen seit dem Jahr 1959 das Valentin-Karlstadt-Musäum.
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